Osmanlı İmparatorluğu’nda batılılaşma hareketlerinin hızlandığı yıllarda, kadınların da
eğitimine önem verilmeye başlanmıştır ve Bursa’da kız çocuklarının eğitimi için okul açılması 1854 yılına kadar gitmektedir.

Bugün Bursa Kız Lisesi’nin bulunduğu alanda, tarihî Mahkeme Hamamı’nın karşısında, tek katlı, bodrumlu, kâgir bir bina, Erkek Rüştiye Mektebi (ortaokul) olarak inşa edilmiştir. (Bu bina 1968’de yıkılmıştır.) Erkek Rüştiyesi 1892’de Mülki idadisi (lise) ile birleştirilmiş, bu tarihten sonra da bina bir süre İdadi Mektebi (lise) olarak işlev görmüştür. Bu okulun ön kısmı uzun süre Kız Rüştiyesi olarak kullanılmış, 1911 yılında ise bütün binalar Kız Rüştiye
(Malhatun) Mektebi olarak anılan okula tahsis edilmiştir.

Bursa Kız Lisesi’nin kuruluşu ise şu şekilde olmuştur: Muradiye Semti’nde 1876 yılında Amerikalı Protestan misyonerler bir kız koleji açarlar. Ahmet Zühtü Paşa’nın yazdığı raporda bu okulun öğrenci sayısının başlangıçta 45 olduğu, okulun ruhsatının ise 1892 yılında alındığı belirtilmektedir. Başlangıçta gayri Müslim öğrencileri eğiten okul, Cumhuriyetten sonra daha çok Türk öğrencilere de hizmet vermeye başlar.

16 Eylül 1949’da Milli Eğitim Bakanlığınca adı Kız Lisesi olarak tescil edilmiştir. A blok 1962 yılında hizmete girmiş, taş binada da yıkıldığı 1968 tarihine kadar eğitime devam edilmiştir. Okula ilk kez 1979 yılında erkek öğrenciler alınmış fakat aynı öğretim yılında (1980)
öğrenciler tasdikname ile Erkek Lisesi´ne geçiş yapmışlardır. Erkek öğrencilerin yeniden okula alınması, 1993 senesinde yabancı dil ağırlıklı eğitim sistemine geçişle olur.

Okul, 1991 senesinden itibaren ortaokula kayıt almaz ve ortaokullarda da son mezununu 1993 senesinde vermiştir. 2005 senesinde Bursa Anadolu Kız Lisesi adını almıştır.