İstanbul kuşatması sırasında Osmanlı kuvvetlerinin bir bölümünü komuta eden, II. Murat, Fatih Sultan Mehmet ve II. Bayezid dönemlerinde çeşitli üst görevlerde bulunan İshak Paşa tarafından yaptırılmıştır. İshak Paşa; Fatih Sultan Mehmet döneminde iki kez, II. Bayezid döneminde de bir kez sadrazam olmuştur. 1487’de Selanik’te vefat etmiş, vasiyeti üzerine cenazesi İnegöl’e getirilip İshak Paşa Külliyesine gömülmüştür. İnegöl’ün merkezi yerinde bulunan çarşı içinde yer alan İshak Paşa Külliyesi, cami, medrese ve türbeden oluşmaktadır. Vakıf kayıtlarında, yapım yılının 873 Hicri (1468-69) tarihinden önce olduğu anlaşılmaktadır. Külliyenin vakfiyesinden öğrenildiği üzere, yapının imaret, zaviye, medrese, han, türbe ve ahırdan oluştuğu anlaşılmakta ancak imaret, zaviye, han ve ahırlar bugün tamamen ortadan kaybolmuştur. Yerleri belli değildir fakat imaretin yanına medrese de yaptırıldığından, zaviye, han ve ahırların külliyenin batı orta kısmında olduğu düşünülmektedir.

Yapım özellikleri bakımından, Bursa üslubu adı verilen mimarlık okulunun devamı sayılır. Planı bakımından Bursa’da ki Hamza Bey Camisi’ne benzemektedir. Aynı hizada ve büyüklükte olan iki kubbesi ile yanlarda geniş kemerlerle bağlanmış kubbeli ve tonozlu eklentileri vardır. Büyük kubbeler, kabartma üçgen kasnaklara oturtulmuştur. Son cemaat yerinin, yığma ayaklar üzerine oturtulmuş beş küçük kubbesi vardır. Kemerler üç tuğla ve bir taş, ana duvarları düzgün moloz taşı ve iki sıra tuğla ile örülmüştür. Bu ayrıntılara göre camii T planına uygun, yan mekanlı camiler grubuna girmektedir.Caminin ana mekanlarını ve yan kısımlarını örten kubbelerin hepsi sekizgen kasnaklı olup bu kasnaklara pencereler açılmıştır. Kubbeye geçişler pandantiflerle sağlanmıştır. Caminin iç kısmı sıvalı olup, kubbelerin orta kısmında bitkisel süslemeler bulunmaktadır.

Caminin giriş kapısı üstünde bulunan kitabeden 1887 yılında Abdülhamit döneminde külliyenin tamir edildiği anlaşılmaktadır. Son olarak İshak Paşa Külliyesi’nin ayakta kalabilen tüm yapıları 1961-1969 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü’nce onarılmıştır. Bir zamanlar caminin batı doğrultusunda uzanan 15 adet küçük sıra dükkanlar 1966 yılında dönemin Belediyesi tarafından yıktırılarak külliyenin etrafı genişletilmiştir.